Бенджамин Гиза Аффлек родился 15 августа 1972 года в Беркли (Калифорния, США). Его отец — Тим Аффлек, в молодости также пытавшийся стать актером, но забросивший это дело, работал медиком, а мать — Кристин — педагогом и надеялась, что и сын пойдет по её стопам.

Когда Бену было около 7 лет, Кристин через одного из своих знакомых устроила его на небольшую роль в телесериале, который назывался «Путешествие Мими» (1984). Примерно в том же году Аффлек познакомился с Мэттом Деймоном, ставшим впоследствии его лучшим другом и коллегой.